O projeto museológico do Musa privilegia a guarda e o estudo de coleções vivas de plantas e insetos, assim como são encontradas “in situ” , contribui para que a guarda de coleções de objetos de arte e artesanato indígena seja guardado e estudado em museus vivos das próprias comunidades que os produziram. No acervo também consta objetos artísticos, arqueológicos e de ciências naturais.
O Musa está credenciado pelo IPHAN Am para receber e guardar peças e fragmentos de arqueologia e paleontologia.
