O Museu também possui acervo arqueológico.
O Museu de Arqueologia e Etnologia Americana (MAEA) possui acervo composto de coleções arqueológica, antropológica e etnográfica de significativa relevância para o cenário nacional em termos de documentos musealizados que instigam a investigação científica e ampliação na produção do conhecimento em Arqueologia, Etnologia, História da América Indígena, Museologia e áreas afins.
Coleção obtida por meio das pesquisas etnográficas realizadas durante 10 anos pela Prof. Nely Ferreira do Nascimento com a etnia Maxakali e doadas à UFJF no final da década de 80 do século XX. Posteriormente, a coleção foi complementada com os pesquisadores do MAEA (Luciane Monteiro Oliveira, Ana Paula de Paula Loures de Oliveira e Alencar Miranda de Amaral) que realizaram trabalhos no final da década de 90 e início dos anos 2000 entre o grupo. Os Maxakali se situam no nordeste do Estado de Minas Gerais, em Territórios distribuídos em 4 municípios a saber: Bertópolis, Santa Helena, Ladainha e Teófilo Otoni. Os objetos são compostos por artefatos de madeira, tecelagem, trançado e cerâmica.
