A história do museu tem início em 1986, quando a prefeitura adquiriu a Casa de Olegário Maciel para sediar um espaço cultural. Posteriormente, na década de 1990, o imóvel passou a sediar o novo Centro Histórico Cultural. Em 2001, O então Centro Histórico Cultural foi transformado em Centro de Referência Histórica e Cultural, funcionando no mesmo local. O Museu da Cidade de Patos de Minas (MuP) foi criado apenas em 2004, resultado da evolução da instituição e da necessidade da organização do acervo cultural do município. O MuP integra o Sistema Brasileiro de Museus (SBM), inscrito no cadastro nacional de museus do Instituo Brasileiro de Museus (IBRAM), bem como o Sistema Estadual de Museus (SEMMG).
O Museu também possui acervos arqueológicos, históricos, religiosos, artísticos e de ciência e tecnologia.
O museu carece da presença de técnicos museólogos com maior urgência para cuidar da manutenção, conservação e restauração de seu acervo.
Vários objetos do acervo do museu são inventariados (registrados e protegidos pela lei municipal de inventário), mas não há nada tombado.
O museu se beneficia da Lei Robin Hood (ICMS do patrimônio cultural), que imputa às equipes que trabalham com cultura nos municípios projetos para realizarem. Cumprindo isso o município recebe recursos para investimentos, de forma que o órgão de patrimônio gera receita pro município ao executar atividades culturais e patrimoniais ao mesmo tempo em que ganham assim maior fôlego para realizar tais projetos.
